La Fundación Lázaro Galdiano surge de la generosa donación al Estado Español de todos los bienes del ilustre coleccionista aceptada el 22 de diciembre de 1947. El legado estaba formado por 13000 obras de arte, el palacio que las albergaba, la sede de su editorial, La España Moderna, y una biblioteca con 20000 volúmenes.

Poco después se instituyó una Comisión que se hizo cargo de la administración de la herencia así como de proponer la constitución de una fundación como forma más adecuada para gestionar el importante caudal heredado.

Además de los fines propios para los que fue constituida, la Fundación decidió desde un principio destinar parte de sus recursos a la mejora, incremento y difusión del Patrimonio Artístico Español mediante la realización de obras de restauración en determinados conjuntos arquitectónicos (el Salón de los Califas de Madinat al-Zahrá, la ermita de San Baudelio de Berlanga en Soria, la Aljafería de Zaragoza o del Palacio Arzobispal de Santiago de Compostela), la concesión de becas de formación a estudiantes o licenciados, así como la edición, desde 1954, de la revista de arte "Goya". Como reconocimiento a estas labores, le fue concedida en 1957 la Medalla de Honor de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.

El Museo abrió de nuevo sus puertas el 13 de febrero de 2004 con sus instalaciones renovadas. El horario de visitas es de 10 a 16:30, martes cerrado.